Вместе с тем следует отметить, что положения п.п. 1 – 1.3 ст. 269 НК РФ об особенностях учета процентов по долговым обязательствам для целей налогообложения прибыли организаций не исключают применения к таким контролируемым сделкам положений глав 14.4 -14.5 НК РФ, регулирующих порядок проведения ФНС России налогового контроля в связи с совершением контролируемых сделок.
В частности, ст. 105.16 НК РФ не предусматривает исключений для каких-либо сделок в целях представления уведомления о контролируемых сделках. Следовательно, во всех случаях совершения контролируемых сделок и применения в целях налогообложения фактической ставки по долговому обязательству на основании положений п.п. 1 – 1.3 НК РФ, налогоплательщик обязан представить в ФНС России уведомление о контролируемых сделках. Представление документации по контролируемым сделкам в данном случае также является обязательным (ст. 105.15 НК РФ).